湟鱼为冷水性鱼类。喜欢生活在浅水中，也常见于滩边洄水区或大石堆间流水较缓的地方，入冬则潜居于深潭、岩石缝中。适应性强，对生活条件并没有严格的要求，较小的水塘和较浅的湖边都能生活，在咸淡水里也可生活。

    幼鱼孵出后，即成群游泳，多集群于河口浅水地区。幼鱼阶段以动物性饵料为主食；成鱼杂食性，青海湖中所有的动植物都是其食料，主要食物对象为硅藻、桡足类、枝角类、轮虫类、端足类、水生昆虫、摇蚊幼虫等，甚至其幼鱼及条鳅也为之吞食。

    由于青海湖地处海拔三千多米的高原上，水温低，食料生物贫乏和生长期短，故此鱼生长缓慢，除第一年生长达3.5厘米外，一生中的体长生长无明显的阶段，4龄以下体重增长较快，体重250克者平均为8-9龄，500克者约为10龄；一般能长到50-60厘米，重约5公斤，25龄；最大个体长可达95厘米，重约6.5公斤。

    群体中雄鱼多于雌鱼，繁殖力较低，怀卵量平均为16242粒。有明显的生殖洄游，每年3月下旬至8月由青海湖进入河中繁殖。产卵场所一般在流速缓慢，底质为石砾、卵石或细纱，水深在0.1-1.1米清澈见底的河道中。

     在繁殖季节内，当水温低于6℃或超过17.5℃时，便无繁殖活动。产卵旺季为5月中至6月中；产卵活动是昼夜进行，以23时至次日3时为最旺盛；卵产于聚卵窝内，卵沉性，微粘。

    小湟鱼每年在淡水中出生，然后到青海湖中逐渐成长起来，成年后的湟鱼再溯河洄游重返故乡，繁衍生殖后代。究其原因是因为青海湖的含盐量太高，含盐量高达 12.49‰到15.5‰，而且碱度太高，PH值目前已经达到9.2，有时高达9.2以上，海拔高的地方甚至超过10个PH值，高盐度和高碱性，对于湟鱼的性腺发育、成熟都是致命的损害。

     为了繁衍生殖后代，湟鱼只有逆流而上，选择合适的入湖河流作为它们产卵的河床，行程达数百公里，这无疑是一趟艰苦的跋涉。