大金瓦殿始建于明代末年。相传塔尔寺附近申中等5族部落集资，以大灵塔（转法轮塔）为中心，起建大殿。清康熙四十七年（1708年）塔尔夺第十八任法台却藏集资，并得到青海亲王扎喜巴图尔台吉和郡王额尔德尼吉昂资助黄金1300两、白银1.2万两，重新扩建大殿，建成重檐歇山顶，屋顶改为镏金版钢瓦。乾隆五年（1740年），西藏郡王台吉颇罗鼐索南多杰用白银2.7万两，重镀金瓦，并在屋顶安装宝瓶。乾隆十一年（1746年），青海亲王丹津旺舒克及其福晋艾克霞资助，修饰大金瓦殿飞檐。大金瓦殿内为高11米的银质大灵塔，塔前陈设金、银灯，古瓶等供器，塔后藏有用金粉书写的《甘珠尔经》。塔旁还供奉阿嘉、赛赤、却西等历代本寺活佛五座灵骨塔及丹津护神（又称同魔护法神）的黄教专有的神像等。